
Figlio del capitano Andrea Mascagni e di Elisabetta Burroni, entrambi appartenenti ad antiche famiglie di Chiusdino, in provincia di Siena, si laureò in filosofia e medicina nel 1778 presso l’Università di Siena
Oltre alla predilezione per gli studi medici, ebbe interesse anche per le scienze naturali. L'ultimo anno di studi universitari fu nominato lettore supplente del suo professore e mentore Pietro Tabarrini le cui condizioni di salute si deteriorarono a partire dal 1771 fino al 1774 quando fu costretto a ritirarsi perché affetto da cecità.
Dopo il compimento degli studi, Mascagni fu nominato lettore ordinario, presso la Facoltà di Anatomia di Siena, a partire dal 1780.

Nonostante ciò il 22 ottobre 1801 il Re di Etruria ruppe motu proprio la detenzione del Mascagni nominandolo professore di anatomia, fisiologia e chimica all'Università di Pisa, nello stesso periodo Mascagni teneva anche lezioni a Firenze presso l'Arcispedale di Santa Maria Nuova.
Nello stesso periodo, la comunità scientifica francese si interessò molto alle ricerche sul funzionamento del sistema linfatico umano.
Nel 1784 l’ Academy of Sciences di Parigi offrì un premio per il miglior lavoro volto a descrivere il sitema vaso linfatico umano.
Mascagni propose all’Accademia Parigina due lavori illustrati ma sfortunatamente entrambi giunsero a Parigi dopo la scadenza per la presentazione degli elaborati.
Nonostante ciò I membri dell’Accademia rimasero impressionati dai lavori di Mascagni tanto da attribuirgli un premio speciale.
Negli anni a seguire, si dedicò soprattutto ad approfondire significativamente gli studi sui vasi linfatici con significanti e accurati resultati, Mascagni portò a termine numerosi esperimenti ed esami, ripeté accuratamente le osservazioni di altri scienziati per verificarne i risultati, sviluppando un nuovo metodo di studio che soddisfacesse le sue esigenze di ricerca.

Altri suoi libri, riccamente illustrati, servirono da modello a scultori e pittori per dare forma alle loro composizioni artistiche.
Paolo Mascagni, insieme a Morgagni, Spallanzani e pochi altri, è da considerare tra i più grandi studiosi di anatomia e chimica organica del XVIII secolo.

Mascagni fu sepolto nel cimitero rurale di Castelletto. La sua tomba purtroppo è andata perduta. La pietra tombale è pero’ conservata nella piccola cappella cimiteriale del luogo.
Alcuni decenni dopo la sua morte una statua che lo raffigura venne posta in una nicchia del cortile degli Uffizi, fra le statue dei grandi uomini della Toscana.
Dopo la sua morte nel 1815, tra le carte di Mascagni furono trovati manoscritti e disegni che negli anni a seguire diedero vita ad altre tre pubblicazioni postume curate inizialmente dai discendenti e successivamente da alcuni professori dell’Università di Pisa che pubblicarono in 9 parti, dal 1823 al 1832, l’opera dal titolo Anatomia Universa, contiene 44 tavole finemente realizzate raffiguranti l’anatomia e la struttura scheletrica umana in gran dettaglio, oltre ad una serie di tavole raffiguranti gli organi addominali, l’utero, e il feto.
Alcuni anni dopo la sua morte, una statua di Paolo Mascagni fu posta nella Galleria degli Uffizi a Firenze, tra i grandi uomini della Toscana. La via principale di Chiusdino è oggi intitolata a Paolo Mascagni, così come il piccolo borgo di Castelletto.
Mi commento da solo.... anche la scuola media di Chiusdino è intitolata a Paolo Mascagni, ci sono andato per tre anni e nessuno mi ha mai detto chi fosse questo signore.... Alla fine mi è venuta questa curiosità e perchè non condividerla.........
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